長らくxpdfの調子がおかしいと思っていたのだが、そのついでにpdftotextの調子もおかしいと思っていたのだが、やはり設定の問題だった。$HOME/.xpdfrcにこう書いたらだいぶ問題が消えた。

cidToUnicode    Adobe-Japan1    /usr/share/xpdf/japanese/Adobe-Japan1.cidToUnicode
unicodeMap      ISO-2022-JP     /usr/share/xpdf/japanese/ISO-2022-JP.unicodeMap
unicodeMap      EUC-JP          /usr/share/xpdf/japanese/EUC-JP.unicodeMap
unicodeMap      Shift-JIS       /usr/share/xpdf/japanese/Shift-JIS.unicodeMap
cMapDir         Adobe-Japan1    /usr/share/xpdf/japanese/CMap
toUnicodeDir                    /usr/share/xpdf/japanese/CMap
displayCIDFontX Adobe-Japan1    "-*-fixed-medium-r-normal-*-%s-*-*-*-*-*-jisx0208.1983-0" ISO-2022-JP

こういうのはデフォルトで/etc/xpdfrcに入っていてほしいところ。

これで、日本語のPDFでもpdftotext -enc EUC-JP hogehoge.pdfでhogehoge.txtができて、それなりに読める。